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1、维持正常肠道菌群和抑制病原菌

益生菌可以通过消耗代谢底物、抢占定殖位点，以及分泌抑菌活性物质等方式来抑制病原菌，维持肠道菌群平衡。

2、改善和维持肠道功能

益生菌可促进发酵产物SCFAs的产生和平衡，SCFAs对于维持肠道酸碱度和渗透压以及缩短肠转运时间等有重要作用，也是肠道上皮细胞能量的重要来源。

3、参与营养和代谢

益生菌能够合成多种维生素（如维生素K）、多种酶类，以及促进胆酸分解代谢和中和致癌物等，还可以通过影响肠道上皮细胞内分泌作用调节进食和能量平衡等。

4、调节免疫系统功能、调节内分泌

益生菌通过与肠道的上皮细胞和淋巴细胞的相互作用，发挥免疫调节等作用；同时益生菌通过产生SCFAs等活性产物到达其他组织器官，发挥神经内分泌调节作用。

益生菌也有可能从肠道转移到其他器官和组织。有研究提示，女性生殖系统和母乳中的菌群，可能来自肠道，但这方面还缺乏确切证据。